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 超によって幻想空間に引き込まれ、フリーズさせられていく生徒たち。 そんなクラスメイトの姿を見つけた明日菜は、救出方法がわからず困惑するばかり。 さらに彼女は、かつて学園から姿を消した生徒たちも発見する。 だが、同じくその体は動けなくなっており、明日菜の呼びかけに応える者は誰もいなかった。 一人取り残され、大きな孤独感に襲われる明日菜。そんな彼女の前にさよが姿を現し、高畑から教えられたことを告げる。 聞けば、明日菜には「魔法無効化」の能力が備わっているという。 その能力で、クラスメイトたちをフリーズさせている原因である世界樹の魔力も解除できるかもしれないというのだ。 早速明日菜がさよの助言に従い、フリーズした生徒たちに対し仮契約の要領でキスを試みると、見事に魔力の解除に成功した。 こうして全ての生徒を救出した明日菜は、改めて全員でネギを助けに行こうとする。 ところが、彼女たちの前にはいつの間にかバリアが張られていた。 そのため、魔法無効化能力をもつ明日菜しか先へ進むことができない。 そこで彼女は、クラスメイトたちの思いを受け、一人で先を急ぐことに。
 そしてついに、明日菜はネギと世界樹のもとへたどり着いた。 しかし、そこへ超が立ちはだかり、明日菜に激しい攻撃を加えていく。 世界樹の魔力が定着するまで、もう時間は残されていない。ネギも完全にクリスタル化しようとしている。 そんな中、明日菜は超の攻撃で大きなダメージを負い、動けなくなってしまう。 はたして彼女は、ネギを救いみんなを元の世界へ戻すことができるのか!?
 
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 学園を囲む結界を消滅させるため、世界樹の魔力を解除しに向かったネギ。 だが彼はその途中で、事件の首謀者である超によって動きを封じられていた。 彼女から、ネギの体が徐々にクリスタル化していく光景を見せられた明日菜たちは、彼を助けるべく世界樹に向かう。
 そんな生徒たちの動きを、別次元にいる教師陣が察知していた。 彼らはネギを助ける手段を模索するも、彼の居場所の時空がずらされており、直接魔力やメッセージを送ることができない。 そんな状況に歯噛みする高畑に対し、近右衛門は今まで隠していたある事実を打ち明ける。 かつて学園への転入を願い出た超の孤独な瞳を感じ取った彼は、超がカシオペアで時空移動してきた未来の人間だと知りながら彼女を受け入れたという。 しかし今、そんな超がネギや明日菜たちを苦しめていることに、近右衛門は苦悩を抑えられずにいたのだ。
 その頃、超は明日菜たちに恐るべき罠を仕掛けようとしていた。 世界樹の魔力を利用して、カシオペアで彼女たちの周囲の空間を歪ませた超は、それぞれの心に強く残っている人物を幻影で見せる。 あやかには幼い頃に亡くなった弟を、史伽にはずっと行方を追っていた楓を。 それらのトラウマに囚われたが最後、体がフリーズしてしまうのだった。 次々と動きが止まっていく生徒たちをしたり顔で見下す超。彼女の暴走は、さらに続いていく……。
 
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 ついにネギは、元の世界に戻る手がかりを見つけた。図書館に隠されていた魔法書に、世界樹の魔力を解除する呪文が記されていたのだ。 その呪文がうまくいけば結界も消滅し、生徒たちを助けることができる。決意を固めたネギは、彼女たちを巻き込まないよう一人で世界樹のもとへ急行した。 そんな彼の行動を図書館に残された置き手紙で知った生徒たちは、心配そうに顔を見合わせる。ただ一人、超を除いては……。 彼女は、ネギの身を案じる明日菜たちとは逆に「先生はきっと世界樹にエネルギーを送り込みに向かったのだ」と声を荒げる。 そこで明日菜は、ネギへの不信感を払拭するため、これまでの学園生活で感じた彼の優しさを思い出そうと呼びかけた。 かつてネギから励まされたおかげで、本当の自分を取り戻すことができた千雨。 ネギへの密着取材中、危機に陥ったところを魔法で助けられた和美。さまざまな思い出を蘇らせた彼女たちの顔には、自然と温かな笑顔が戻りつつあった。
 しかし、それでも超はネギを信じなかった。彼女はネギに思いを寄せる明日菜たちをあざ笑うと、今まで隠していた本性を現わした。 なんと、超が時計型のタイムマシン「カシオペア」を使って生徒たちを消したというのだ。 なぜそんなことをしたのかと、彼女を口々に問い詰める明日菜たち。だが、超は答えることなく、冷たい笑みを浮かべながら彼女たちに新たな事実を告げる。 それは、ネギの身に起こった衝撃の事態だった。一体、超は何者なのか。そして、彼女がネギに憎しみを抱く理由とは……?
 
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 ネギはのどかを新たなパートナーに迎え、彼女の能力に助けられながら古代の魔法書を読み解いていった。 その過程で結界の仕組みを知ったネギは、あと2日で結界が完全に定着し、二度と元の世界に戻れなくなるという事実に気付く。 残された時間は少ない。彼は引き続き、寝る間も惜しんで魔法書を読みあさり、解決策の確立をめざす。 その頃、生徒たちはクラスメイトが次々と消えていく事態にさらなる不安を募らせていた。 しかもネギが魔法使いだと知ってしまった今、どうしても彼への不信感がぬぐえず、心の行き場を失いつつあった。
 そんなある夜、姿を消した楓の幻影を追っていた夢うつつの風香が、誤って結界に触れてケガをしてしまう。 その近くにいた茶々丸によって助けられ教室に運ばれた彼女だったが、すでに意識は薄れ、かろうじて脈があるという危険な状態。 備えていた薬も効果が期待できず、生徒たちは風香の容態をただ見守るしかできない。 治癒魔法が使えないネギもまた、彼女を救う手段がなく己の力不足を悔やむばかりだった。 そんなとき、木乃香がネギのパートナーになることを申し出てきた。 エヴァの言葉で、自分に治癒能力が眠っていることに気付かされた彼女は、風香を助けるため、そしてネギの力を補うために契約を決意したのだ。 そして契約を完了し、治癒能力を開花させた木乃香は、魔法で風香を救うことに成功する。 回復した風香の姿に喜び沸き立つ生徒たちを見て、安堵するネギ。だが、肝心の結界の問題がまだ残っている。 ネギは図書館でさらに調査を続けたすえ、ある決意を固める……。
 
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 結界の謎を一刻も早く解明しようと調査を続けるネギのもとへ、突如さよが現れた。 彼女は結界が形成されたときに何らかの力で次元の狭間へ飛ばされ、その後、元の世界にいる高畑たちと合流できたという。 そこで彼らから教えられた、世界樹に関する情報やネギの魔力を取り戻す呪文を伝えるべく、高畑たちの魔法でネギがいる空間へ送り届けてもらったというのだ。 霊体であるがゆえに異なる次元を行き来できるさよのおかげで、ついに魔力を取り戻したネギ。 彼は早速、結界の張られた場所へ出向き魔法で破ろうとするも、ビクともしない。 そこでさよからの情報をもとに、図書館で眠っているという魔法書を呼び覚まし解決策を見つけることに。
 ところが、もう一つの問題が発生した。ネギが結界の前で魔法を使うところを、ほかの生徒たちに見られてしまったのだ。 彼女たちに次々と問い詰められたネギは、仕方なく自分が魔法使いであることを明かす。 だが生徒たちは、今まで彼が隠していたことを不審がり、先のネギの行動を「結界を魔法で強化していたのだ」と思い込み、非難しはじめた。 大切な生徒たちからの信頼を失ってしまったネギは気落ちし、その場を離れるしかなかった。 だが、逃げてはいられない。彼女たちからどのように思われようと、必ず全員で元の世界へ戻ってみせる。 そう思い、ネギは図書館に隠されていた魔法書を開いた。 しかし、その内容はネギさえも初めて見る古代の魔法文字で書かれており、古語辞典を用いても解読は遅々として進まない。 そこへ、のどかが決意を秘めた表情で駆け込んできた。ネギの力になりたい一心で、彼女が申し出てきたこととは……。
 
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 突如行方不明になったネギとA組の生徒たちを必死に捜す高畑。 彼は、刹那や真名たちとともに調査を進め、ネギたちが別次元の学園に閉じこめられていることを突き止めた。 その原因は、学園にある世界樹が22年に一度という周期で放出する魔力を何者かが利用しているからだという。 しかし、肝心の救出方法は未だ見つけられず、高畑のは苦悩する。 また、学園長・近右衛門やしずなも高畑と同じく生徒たちの身を案じ、表情を曇らせていた。
 そんなとき、事態を重くみたメルディアナ魔法学校の校長がイギリスから到着。 彼は焦りが募る近右衛門たちを落ち着かせると、早速魔法でネギたちのいる次元を探りはじめた。 すると、ネギが魔法を封じられていること、そして悪意を秘めた存在がネギたちの近くにいることが判明する。 しかも、彼らが閉じこめられた空間は極めて不安定であり、バランスが崩れるとネギたちを二度とこちらへ戻せなくなるという。 もはや一刻の猶予もない状況だ。しかし、ネギたちの位置が特定できなければ助け出すこともままならない。 校長は呪文でネギの魔力を取り戻し、その魔力を感じ取ることで彼らの居場所を見つけることを思いつくが、別次元にいるネギへ呪文を伝える手段まではもっていない。 彼らを救う道は、もう残されていないのか……!?
 
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 ネギが学園を覆っている結界について調べる間、A組の生徒たちは日々の食材や水の確保に努めていた。 しかし、食材は超の屋台で保管しているものが頼りで、一方の水は、水道が止まっているためじゅうぶんな量が得られない。 そこで超や千雨が一日ごとの消費量を計算していると、風香と史香が水を大きな容器に汲んで運んできた。 ところが、途中で転んでしまい、貴重な水を台無しにしてしまう。 その失敗を見た超から「足手まといだ」と非難された風香と史香は落ち込むも、自分たちも何かの役に立とうと、ひとつの案を思いつく。 校舎裏のまほらの森にある泉で水を汲みつつ、結界がどこまで続いているのか調べようというのだ。 2人は泉の場所をはっきりと覚えていなかったが、楓に教えられたようにモノゴコロを聞き取り、それをもとに泉を目指すことに。
 だがそのとき、森には空間を歪ませる特殊な力が働いていた。その影響で、2人はいつまで経っても泉に着けず迷子になってしまう。 さらに辺りが突如暗くなり、雷鳴が轟き始めた。恐怖のあまり足がすくんでしまう風香たちだったが、立ち止まることはできない。 みんなのために何としても水を汲まなくてはならないのだ。 しかし、そんな決意をあざ笑うかのように突風が吹き荒れ、舞い上がった落ち葉が2人に襲いかかる。 そこへ、彼女たちにとって最も頼もしい存在・楓が助けに駆けつけた。思わず彼女に抱きつき、安堵の表情を浮かべる風香と史香。 だがその直後、3人にかつてない危機が訪れようとしていた!
 
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 平和だった学園の様子が、突如一変した。学園を囲むように謎の結界が発生したうえ、ネギやA組の生徒を除き、教師や生徒たちがひとりもいなくなってしまったのだ。 その結界は触れると弾かれてしまうため、ネギたちは学園に閉じ込められてしまったことになる。 そこで彼らは、結界が解けるまで、人も、そして電気も消えてしまった学園に泊まるしかなかった。 魔法で結界を解こうとするも効果がないと気づいたネギは、図書館で書物をあさり、結界の発生原因や対処法を突き止めることに。
 一方、のどかもネギの力になろうと図書館に出向くが、彼女にはそれ以上の目的があった。 かつてネギに思いを告白したのどかだが、それから何も進展はなく、恋焦がれるだけの日々が続いていた。 そこで改めて彼に気持ちを伝えようと考えたのだ。せいいっぱいの勇気を出して図書館にたどり着いたのどかは、ネギを手伝うかたわら、彼のことをじっと見つめる。 やがて2人を照らすランプの火が消えたとき、のどかはついにネギを抱きしめた。もっと自分を見てほしい、近づいてきてほしいと……。
 そんな2人に突如、懐中電灯の光が照らされた。のどかの帰りが遅いと感じた明日菜が、彼女を呼び戻しにきたのだ。 ネギがみんなのためにひとりで頑張ろうとしているときに、彼のそばにいるとネギに余計な気遣いをさせてしまう。 だから一方的に手伝おうとするのは迷惑だと言い放つ明日菜。 それがのどかに対するやきもちから出てしまった言葉であることを、彼女は気づいていなかった。 自分の気持ちに素直になれない明日菜、自分の気持ちを否定されてしまったのどか。彼女たちの思いの行方は……?
 
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 何かしようとするたびに失敗してしまうまき絵。ほかの生徒たちの間では、彼女のことを「まき絵だから仕方ない」と諦めている者も多い。 だが、ネギはまき絵を真剣に励まし、協力を惜しまなかった。 そんな彼に心を打たれ、好意を抱くようになったまき絵は、ネギに手作り弁当を振る舞い、それをきっかけにラブラブになろうと考えた。 ところが、彼に弁当を持っていこうとしたとたん、まき絵と同じことを考えていた超と鉢合わせ。 自分の弁当だけをネギに食べてほしいと思っていた2人は「先にどちらの弁当をネギに食べてもらえるか」という勝負を始めてしまい、どちらか選べずに逃げるネギを毎日のように追い回す事態に発展。 しかし、そこでもまき絵は失敗してしまう。ネギを追っている途中で転んでしまい、弁当を台無しにしてしまったのだ。 彼女のようすを見守っていた生徒たちは、いつものように「まき絵だから」と納得。だが、本人はめげずに笑顔で立ち上がるのだった。
 そんな折、まき絵は進路指導室で部屋の整理をしようとするネギを手伝うことに。 「今度は絶対に失敗しない」と意気込む彼女だったが、重いものを持てばふらつき、掃除をすれば動くたびに何かを落としそうになる。 そしてついに、ネギが新たに指導室に置こうとしていた大切な鏡を割ってしまった。 さらにまき絵は、その失敗に対して彼からも「仕方ない」という言葉を聞き、大きなショックを受けてしまう。 これまで多くの「仕方ない」に耐えてきた彼女だったが、思いを寄せるネギからの一言はあまりにも重い。 持ち前の笑顔を失ったまき絵は、はたして立ち直れるのだろうか……?
 
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 最近、体の調子が悪くなり、すぐ転ぶようになってしまった茶々丸。 彼女のメンテナンスをしている聡美の調べでは、消去不可能な謎のデータが茶々丸に蓄積し、システムに負荷がかかっているため反応速度が落ちたのだという。 このままではシステム全体がオーバーヒートしかねないと考えた聡美は、茶々丸に初期化を勧める。 だが、彼女は初期化によって消されたくないデータがあったため、聡美の提案を拒否した。 そのデータとは、ネギの姿が収められたいくつもの画像。彼女は無意識のうちに、それらを蓄積させ何度も再生してしまい、システムに負荷をかけていたのだ。 その現象は紛れもなく恋という感情によるものだったが、ロボットである茶々丸にとっては理解しがたく、戸惑うばかり。 そんなある日、茶々丸は、ネギが自分の不調を心配して優しい言葉をかけてきたことをきっかけに、彼への思いがあふれついにオーバーヒート。そのまま倒れて意識を失ってしまう。
 やがて彼女が目を覚ますと、なんと自分の体が人間のものになっていた。 それを境に、茶々丸は人間として料理を味わい、おしゃれをすることができるようになった。 さらに、いつの間にか彼女は寮がネギと同室になっていたらしく、下校時には彼がいっしょに帰ろうと自分を誘ってくる……。 茶々丸にはわかっていた。それらの光景は、自分が望んだ夢であることを。 だが、ようやく得られた幸せな世界を振り切ることができるのか。現実で自分はオーバーヒートした結果、初期化されようとしている。 ならばこのまま、夢の世界に残りたいと考えはじめる茶々丸だったが……。
 
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 A組の生徒である和泉亜子や春日美空たちは、ある日の帰り道、クラスメイトの超鈴音がつくる特製肉まんをおいしそうに食べていた。 そこへ突然、ジャージ姿の謎の男が飛び出してきて、彼女たちの肉まんを奪い去ってしまう。 亜子たちの悲鳴を聞き、現場へ駆けつけていた木乃香は、その犯人の顔に心当たりがあった。 男はプロレス雑誌で見かけたレスラー、金剛地力也だったのだ。 肉まんを鬼気迫る様子で奪っていったことから、彼はかなりの空腹なのだと察した木乃香は、翌日、手作り料理をもって明日菜とともに金剛地の稽古場を訪れる。
 そこはひどく寂れており、しかも金剛地は借金取りから逃れるため身を潜めていた。 聞けば試合に客が入らずお金がなくなってしまい、ほかにやりたい仕事もないため借金だけが残ってしまったという。
そこへ、彼のトレーナーである漆原喜一郎がやってきた。なんでも金剛地をレスラーからお笑い芸人に転向させようと話をしにきたというのだが、肝心の彼は気乗りしない。 金剛地は、プロレスで復活する夢を諦められずにいたのだ。 木乃香も彼の夢をかなえさせようと漆原を説得するが、彼は木乃香をうっとおしく感じ、一喝して退かせた。 そんな漆原の乱暴な態度と、彼に逆らえない金剛地の気弱な姿に我慢ができなくなった明日菜は、金剛地にスクワットや腕立て伏せの勝負を申し込む。 自分が勝ったら、木乃香の気持ちを無駄にしないでほしいという条件で……。 金剛地は挑まれた勝負にどう応えるのか。
そして、明日菜や木乃香たちの思いは彼に届くのだろうか……!?
 
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 始業前、教室でひとり出席簿を見ていたネギに、カモが「生徒たちの中で新しいパートナーを見つけるため水着コンテストでも開いたらどうか」と尋ねてきた。 彼が言うには、パートナーは多いほうが戦いで有利になるらしいのだ。 そこへ明日菜がやってきて、自分だけでなくほかの生徒たちもパートナーにすると聞いて怒りを覚える。 ネギ自身はそんなことを考えていなかったのだが、誤解が誤解を生み、明日菜は彼に愛想をつかして去っていってしまう。 そのとき彼らのやり取りを盗み聞きしていた和美は、会話の端々から、ネギが水着コンテストで新しい恋人を探すつもりだと思い込む。 その噂を聞きつけたあやかは、彼を自分のものにしようと「ミス・麻帆良コンテスト」を開催。 同じくネギを射止めようとするA組の生徒たちも、参加を表明するのだった。 一方、当のネギはいきなり生徒たちに連れられ、会場で拘束されてしまう。
そして彼が事態を把握できないうちに、コンテストが始まった。
 ルールは、参加者が魅力的な衣装やポーズでネギを興奮させ、その興奮度を聡美の発明した装置により数値化。 その高さを競い合い、優勝者は一日だけネギを好きなようにできるという。 だが、主催者のあやかが勝手に追加ルールを決めたり、自分だけフェロモン入りの香水を使ったりとやりたい放題。 あやかに対するネギの興奮度は否応なしに上がり、このままでは彼女の優勝が確定する。 それを見かねた和美は、あやかに勝つには明日菜しかいないと、進路指導室で落ち込んでいた彼女を連れ出した。 最初は気乗りしない明日菜だったが、会場で生徒たちに圧倒され困り顔のネギを見て、彼を助けるためにも参加して優勝し、ネギを解放しようとする。はたして、その結果は……?
 
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 ある日、進路指導室の掃除をしていた教師・源しずなのもとへ、ひとりの学生がやってきた。 なんでも、入学説明会のため麻帆良学園を訪れたものの、迷子になってしまったという。 そこでしずなは、学園のことを話しながら学生を案内することに。
 彼女は、3年A組で子供ながらに教師を務めるネギや、彼のパートナーの明日菜をはじめ、個性豊かな生徒たちの話をする。 そしてその中のひとり、エヴァが闇に生きる存在であり、彼女がネギの父親で偉大な魔法使い、ナギ・スプリングフィールドと浅からぬ関係であることも……。 賑やかな学園生活の裏で動き出した闇の力。 しかし、しずなはネギなら闇を光に変えられると信じているという。 そして再び、学生に対しさまざまな話を聞かせるのだった……。
 
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 エヴァがネギに襲撃を予告した、皆既日食の日。それは月が太陽を支配する日、すなわち闇が光を覆い尽くし、その力をもっとも強大にする瞬間だった。 すべての事情を知る学園長から、エヴァに秘められた悲しい過去を聞かされたネギは、彼女を改心させ光の世界に連れ戻すためにも、現在の悪行を止めるよう説得することを決意。 しかし、肝心のエヴァの行方はつかめず、その間にも彼女は生徒たちを次々と襲っていった。 そこでネギは、明日菜の協力で女装してみずから囮となり、エヴァを誘い出そうとする。 作戦は成功し、彼はエヴァの姿をとらえるが、以前より力を増した彼女の攻撃に苦戦を強いられる。 さらに茶々丸からの攻撃も加わり、ネギは大きなダメージを負ってしまった。
 一方、彼の安否が気になった明日菜は、いてもたってもいられず、ネギの相棒・カモとともに彼を捜すことに。 学園都市内を走り回り、ようやくネギを見つけた明日菜は、彼のもとへ駆け寄ろうとするも、エヴァによって張られた結界に行く手を阻まれてしまう。 しかし、そこで諦める明日菜ではなかった。彼女は持ち前の根性で結界を突き破ると、傷ついたネギを抱き上げてその場から離れる。 そして、エヴァに見つからないうちに、明日菜はネギにパートナーとしての契約を願い出るのだった。 担任としての責任からか、ひとりですべてを背負い込もうとする彼を見て、自分も何かしたいと考えた明日菜。 ネギは、彼女の真剣な思いに感謝しながら契約を交わし、ついに初めてのパートナーを迎えた。 こうして2対2となった彼らの戦いは今、さらに激しさを増していく!
 
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 満月の夜、まき絵や鳴滝姉妹たちが何者かに襲われた。 彼女たちの首筋には一様にして噛まれたような跡があり、やがて高熱を出してしまうところも共通していた。 事態を重く感じたネギは、翌日の夜から校内の見回りを開始。すると、突如図書館棟の方向から悲鳴が聞こえた。 彼が現場へ急行すると、そこには今まさにのどかを襲おうとする、妖艶な吸血鬼がいた。 彼女はネギの姿を見るや、彼に対し魔法でU撃する。 ネギも懸命に応戦し、ついに吸血鬼を追い詰めるが、その正体はなんと、A組の生徒のひとりで闇に生きる魔法使い、エヴァンジェリン・A・K・マクダウェルだった。
 彼女の目的は、処女の生き血を吸い、闇の魔法力を高めた状態でネギの血を大量に吸うこと。 そうすれば、ある人物から自分にかけられている魔法が解けるというのだ。 ネギは教師として、そして正しい心をもつ魔法使いとしてエヴァの行ないを見過ごすことができず、魔法で彼女を止めようとする。 しかし、同じくA組の生徒でエヴァのパートナーでもある超高性能ガイノイド、絡繰茶々丸がネギの眼前に現われ、魔法発動を阻止した。 さらに、すさまじい力で彼を抑え込み、エヴァに血を吸わせようとする。 だがそのとき、ネギの声を聞いて駆けつけた明日菜が、エヴァと茶々丸に強烈な蹴りを食らわせて彼を救出。 機会を逃したエヴァはやむを得ず引きあげようとするも、去り際にネギにひとつの予告をする。 「今度の皆既日食の日に、お前の血を吸う」と……。
 
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 休日の朝、寮の自室で寝ている明日菜のもとへ、刹那がやってきた。なんでも、自分の知らない間に、木乃香がどこかへ出かけてしまったという。 そこで彼女と同室の明日菜に、行方を知っているかどうかを訪ねにきたというのだ。 初めは、眠りを妨げる刹那をうっとおしく感じていた明日菜だったが、彼女の思い詰めた表情を見て、仕方なく木乃香捜しに付き合うことに。
 2人がやってきたのは、繁華街「まほらストリート」。 明日菜は昨夜、木乃香がそこを特集している雑誌を熱心に読んでいたことを思い出し、彼女が行きたいと言っていたカフェに向かう。 すると思った通り、木乃香はそのカフェにいた。ところが、彼女はひとりではなく、なんとネギといっしょだったのだ。 しかも、「今日のことは2人だけの秘密」という木乃香の言葉まで聞こえてきた。 明日菜は、子供であるネギがデート相手だということに驚き、2人のもとへ向かおうとするが、刹那がそれを制止する。 自分の願いは木乃香の幸せ。彼女が望んでネギとデートしているなら、邪魔することはしたくなかったのだ。 しかし明日菜は、ネギがちゃんと木乃香をエスコートできるのか心配になり、刹那を連れて2人の尾行を始める。
 すると、デートは意外にも問題なく進行していた。明日菜はネギの対応のよさを認めてそのまま見守るが、今度は刹那の表情が曇りはじめる。 彼女は、楽しそうにしている2人の様子から、ある思いをめぐらせていたという。その思いとは、いったい何なのか……?
 
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 いつものように追試を受けることになってしまった、明日菜たちバカレンジャーの5人。だが、今回の追試は普段より重要な意味をもっていた。 楓が小耳に挟んだ情報によると、自分たちの成績がいつまで経っても上がらないため、近々ネギが解雇されるらしい。 5人は、彼が解雇を免れるためにも今度の追試に合格しようと考え、早速みんなで試験勉強を始めることに。
 とはいえ、すぐに集中できれば苦労はしない。 教室で机に向かったはいいが、彼女たちは勉強ではなく、バカレンジャーのリーダーやそれぞれの名乗りのことで頭がいっぱい。 そんなことを考えている場合じゃない、と気付いた5人が勉強を再開したのもつかの間、数分経ったところでまたもや集中力が切れてしまった。 このままでは、勉強がまったく手につかないうちに追試を受けることになってしまう。 そんな不安が頭をよぎったとき、まき絵が最終手段を提案した。 なんと、テストの答案用紙を盗むというのだ。ほかの4人も、悪いこととは知りつつネギのためと思い、その案に乗ることに。 答案用紙は寮にあるネギの机の中だという、同室の明日菜の証言をもとに寮へ向かい、彼の机を調べようとする5人。 だが、そこに置かれていたネギの日記をふと読んで、彼が自分たちの成績のことを真剣に考えていると知った5人は、自らの行ないを恥じ、正々堂々と取り組むことを決意するのだった。 はたしてバカレンジャーは、追試という強大な敵に打ち勝つことができるのか!?
 
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 のどかは、密かにネギに思いを寄せていた。その思いは、ある夜、ネギとキスをする夢を見たことでさらに大きくなっていく。 ところがその翌日、彼女は夢のことを木乃香、ハルナ、夕映の前でうっかり話してしまい、ネギが好きであることを3人に知られてしまう。 恥ずかしさのあまり口ごもるのどかだったが、友達思いの木乃香たちは、彼女の恋を成就させようと考えた。 まずは占い好きの木乃香が、ネギに対して嘘の占いを披露。彼と結ばれるのはのどかだと告げ、ネギに彼女を意識させることに成功する。 ネギが天才少年といえども、恋愛に関しては普通の少年と変わらない。彼は授業中も放課後も、のどかのことが気になっている様子だった。
 そんなある日の放課後、のどかが図書室で本の整理をしていると、ネギと高畑がやってきた。 高畑が言うには、すでに下校時間を過ぎてしまったようだが、整理すべき本はまだたくさん残っている。 そこで、彼の提案でネギがのどかを手伝うことに。お互いに意識しながらも2人きりの時間が流れ、やがて整理を終えた彼らはいっしょに下校する。 その帰り道、のどかはネギにどんな本が好きかと尋ねた。 すると彼が答えた本は、イギリスで人気の「魔法の星」。ネギは勉強のため、日本語翻訳版を読んでみたいというのだ。 それを聞いたのどかは、彼のために翻訳版を手に入れてプレゼントしようとする。 だが、あいにく翻訳版は絶版で、ハルナや夕映たちとともにあらゆる本屋を回っても見つからない。 ネギと仲良くなるきっかけをつかめず、気落ちするのどかだったが……。
 
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 さんぽ部に所属している楓、風香、史香の3人は、今日も元気に散歩へ出かけた。すると楓が、「モノゴコロ」を聞き取るという忍術修行を兼ねた散歩をしようと提案。 モノゴコロとは、物が発する声のこと。それを聞き取り、声の主を見つけるのが今回の散歩というわけだ。
 3人が早速耳を澄ませてみると、史香がかすかな声を聞き取った。 そして彼女を先頭に、声のする方向へ歩いていき、主を探す。 やがて3人がたどり着いたのは、粗大ゴミ置き場。 そこに捨てられていた、ボロボロのクマのぬいぐるみが助けを求めていると史香は言う。 彼女たちはすぐに、針と糸を使い破れた箇所を縫い合わせて、みごと修復。史香は、ぬいぐるみの「ありがとう」という声を聞いたような気がした。
 続いて風香が、別のモノゴコロを聞き取ることに成功。声の主は、捨てられて朽ち果てた自転車だった。 そこで3人は、自転車を隅々まで磨き、オイルをさす。そのおかげで、自転車は見違えるようにきれいになった。 すると自転車が「乗ってほしい」と言ってきた。自転車に乗ることができない風香はためらうが、「自分を呼んでくれた自転車のためにも乗れるようになる」と決意。 繰り返し練習し、転んでも起き上がって、ついにうまく乗れるようになった。
 そして楓もモノゴコロを聞き取った。しかし、声の主がいると思われる神社の境内に、それらしいものは見当たらない。 新たな声が聞こえず、手がかりのつかめない楓は「忍びとして情けない」と落ち込んでしまう。はたして、楓の聞いた声の主とは……?
 
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 明日菜、夕映、長瀬楓、佐々木まき絵、古菲の5人は、A組の中で特に成績が悪く「バカレンジャー」と呼ばれている。 そんな彼女たちが放課後、居残りテストを受けていると、突如教室の机や椅子が勝手にガタガタと揺れはじめた。 さらに電灯が点滅し、窓も激しく揺れる。その光景に驚く彼女たちの悲鳴を聞きつけたネギは、すぐさま教室へ駆けつけ、明日菜たちを廊下に出させる。 そして自分だけが教室内に残り、魔法で事態を収めようとするが、なぜか通用しない。 そのとき、彼がうっすらと見たのは、A組の生徒・相坂さよの姿だった。
 翌日、ネギは学園長からさよについての話を聞く。彼女は、なんと幽霊だというのだ。 長期欠席をしているといわれていたさよだったが、本当はただ見えなかっただけ。 しかし、教室に幽霊がいては、昨日のようなポルターガイスト現象がまた起きるかもしれない。 学園長は、さよを除霊するかどうかの選択を、担任であるネギに迫る。
 そのころ、さよの正体を知らないA組では、謎の幽霊の話でもちきりだった。 なかでも、ハルナやあやかたちは、幽霊が起こす現象で被害者が出ないようにと、葉加瀬の発明した除霊銃で幽霊退治を始めてしまう。 真名の特殊な目「魔眼」で幽霊、すなわちさよの位置を捉えることに成功した彼女たちは、さよに向けて一斉に銃口を向けた。 彼女は、このままクラスメイトたちに退治されてしまうのか。そして、さよへの対応についてネギが出した答えは……。
 
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 学園の報道部に所属し、毎日のようにスクープを狙っている朝倉和美。 彼女が今回つかんだ特ダネは、女性教員・源しずなが進路指導室で飲酒、さらにそこへ居合わせた教員、高畑・T・タカミチと恋愛に発展!?というもの。 和美はその記事を、校内新聞「まほら新聞」にて、しずなと高畑のツーショット写真つきで大きくとりあげ、ふれまわる。 だが実際には、酔って暴れたしずなを高畑が止めただけ。ネギや明日菜たちは、プライベートを無視したうえ誤解を招くような内容を公表した彼女を非難。 しかし、和美は報道の自由を主張し続けるばかりだった。
 そんな折、彼女は偶然、ネギが魔法を使った瞬間を目撃する。 和美は驚きながらも、彼の秘密をなんとしても暴こうと考え、「先生の詳しい紹介記事を書く」という名目でネギに密着取材の許可を求めた。 そしてもう一度彼に魔法を使わせ、決定的瞬間をカメラに収めようとするが、なかなかうまくいかない。 なぜならネギは、魔法使いであることを一般人に知られると、罰として自分の姿をオコジョに変えられてしまうため、人前で魔法を使わないようにしているのだ。 そんな事情を知らず、スクープを諦めきれない和美は、ついに最後の手段に出た。 それは、彼女が子供のころ遭遇した、ある事件を再現するというもの。はたして、その作戦は成功するのだろうか……?
 
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 魔法世界に古くから伝わるおとぎ話にならい、魔法使いには従者、ミニステル・マギと呼ばれるパートナーがいたほうが良いとされている。 また、そのパートナーとは絆を深めるため、結婚したほうが望ましいというのだ。 ネギも、自身の修行のかたわらパートナーを見つけようとしていたのだが……そのことを、彼の正体を知る明日菜のみならず他の生徒たちにも聞かれてしまい、またたく間に広がってしまう。 しかも、ネギがどこかの国の王子様だという尾ひれまでついていた。 その噂を信じた生徒たちは、玉の輿を狙って突然ネギにアプローチをしはじめ、たまらず彼は逃げ出してしまう。
 そんな騒ぎの中、ネギは偶然、近衛木乃香と出くわす。だが、彼女はひとり表情が曇りがちだった。 なんでも、近衛家の安泰のため、学園長でもある祖父から見合いの話をもちかけられているという。 だが、彼女自身は見合いを望んでおらず、隙を見て祖父たちのもとから逃げ出してきたというのだ。 しかし、そこへ桜咲刹那が現われ、彼女を連れ戻そうとする。 木乃香と親友である刹那だったが、今は彼女の気持ちより、近衛家に仕えるという桜咲家の使命を重んじたのだ。 嫌がる木乃香を見かねたネギは、彼女を連れ去った刹那を追った。しかし、刹那はネギに対し神鳴流剣術の奥義で攻撃を仕掛けてくる。 ネギは、木乃香を救うことができるのか。そして刹那は、あくまで友情より使命を貫くのか!?
 
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 ネギがA組に赴任して、はや数か月。その間ずっと、長谷川千雨はクラスの異常さに不満をもっていた。 10歳の少年が教師というだけでもおかしいことなのだが、ネギが来てからというもの、授業がマイペース過ぎる。 今日も、鳴滝風香・史香姉妹が、ネギの授業が通算100時間を超えたことを記念してひなたぼっこをしよう!などと提案し、他の生徒たちもそれに賛成する始末。 授業中であるにもかかわらず…だ。教師が変なら生徒も変。千雨が望んでいる、普通の学園生活とは程遠い状態だ。
 そんな彼女が不満を解消する場は、自宅のパソコンの前。 千雨は、ネット世界では『アイドル・ちう』として絶大な人気を誇っているのだ。 メガネを外し、アイドルコスチュームを身にまとった姿はもはや別人。 しかし、ひょんなことからその姿をネギに見られてしまった!  大慌てで隠そうとする千雨だったが、一方のネギは、その様子に疑問を覚えていた。 こんなに明るい長谷川さんが、なぜ学校ではカリカリしているのだろう……と。 彼は、その答えを突き止めようと、記憶抽出魔法で千雨の心の中を探ることに。 そして、彼女が普通ではないA組を許せずにいる、本当の理由を知ったネギは、千雨の閉ざされた心を解放するため、ある企画を考える……。
 
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 明日菜の幼馴染みで、クラスの委員長を務める雪広あやか。彼女はある日、なぜか物思いにふけっていた。 そんなあやかに食ってかかるのは、ほかでもない明日菜。2人の間には、昔も今も言い争いが絶えなかった。 そんな彼女たちを止めようと割って入ったネギは、健全に決着をつけてもらおうと、ドッジボール勝負を提案する。 ほかの生徒たちも参加すれば、クラスの団結力も高まるし名案だ……と思いきや、3年A組の生徒たちは例外だった。
 チアリーディング部の柿崎美砂、釘宮円、椎名桜子は満足な応援ができた途端に帰ってしまうし、図書館探検部の宮崎のどか、綾瀬夕映、早乙女ハルナは試合中も読書をする始末。 発明少女・葉加瀬聡美と銃器のスペシャリスト・龍宮真名は手持ちの武器で戦いはじめ、ザジ・レイニーデイは得意の手品でボールを消してしまう。 一方、当の2人、明日菜とあやかはひたすらお互いにボールを投げつけるばかり。そんな、友情も団結力も感じられない現状を見かねたネギは……。
 参加しようとしない生徒も出るほどの、マイペースすぎるドッジボール勝負。 はたして、明日菜とあやかの決着はどうなるのか。そして、あやかが物思いにふける理由とは?
 
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 魔法学校を卒業し、立派な魔法使い、マギステル・マギになるため日本へ修行にやってきたネギ・スプリングフィールド。 彼は麻帆良学園の教師として、新しく輝かしい第一歩を踏み出す……はずが、赴任早々、大きな失敗をしてしまう。 登校中、バスにはねられそうになった子犬を助けるため空を飛んだネギだったが、その現場を、自分が担当する3年A組の生徒の一人・神楽坂明日菜に見られてしまったのだ。 自分が魔法使いであることは、秘密にしていなければならない。ネギは、とっさに明日菜の記憶を飛ばそうとする。 しかし、実際に飛んだのは記憶ではなく、明日菜の服や下着だった……。
 その一件があってからというもの、明日菜はネギのことを恨んでいた。 しかも、不本意ながらも理事長命令により、学生寮でネギと相部屋にされてしまったため、イライラが募るばかり。 とはいえ、明日菜は彼のことばかり考えているわけではない。彼女には今、学園教師の高畑・T・タカミチに恋心を抱いていたのだ。 そんな明日菜の思いを知ったネギは、迷惑をかけたお詫びにと、彼女の思いを成就させようと考える。 そして、意中の相手に惚れてもらえるという惚れ薬を作り、明日菜に渡そうとした。 ところが、その効果を疑っていた彼女は、ものは試しとネギに惚れ薬を飲ませてしまい、大ハプニングに発展!
  個性的なA組の女子生徒たち31人と、てんやわんやな毎日を過ごすネギ。彼は、この環境で修行をやり遂げることができるのだろうか!?
 
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